臺北盆地南緣地區，清代屬拳山堡，山脈綿延，靠近番界。深坑地區和拳山堡的其他地區（景美、木柵、新店、坪林、石碇）一樣，在清代都屬平埔族秀朗社所轄，他們是屬於漢人所謂的熟番。當漢人來到深坑開墾時，因此地屬秀朗社（或雷朗社）地，如欲開墾，必須先得到土目及番業戶的同意，並給予相當的代價，才能取得墾耕之權。早期漢人來萬順寮溪南開墾，大致是沿著寬約一百五十公尺到五百公尺的河岸平向東拓墾，其等高線高度為五十公尺。　　　先民之所以沿河拓墾，其原因之一是距離河岸近，取水灌溉均甚方便；此外深坑屬山區，交通不便，利用陸路交通倒不如水路來得便利，是以居住河邊取其近便。　　　
目前所知，最早來深坑開墾的是許宗琴。其次開墾的中心為萬順寮。此一地名之起源，相傳於乾隆三十年（一七六五年），因有泉州人張萬順開闢今萬順村一帶土地而得名。萬順寮地區，最初是由番業戶每年貼納隘糧四十八石。但因丁糧不敷，是以將溪南五莊以及山坑，出資工本，招佃同隘丁分墾，以資糧食。在高陽接掌後，將烏月等莊之田，每甲供粟三石，共一百五十餘石。萬順寮隘的設立，使得萬順寮地區墾務得以順利進行，也造成了後來溪南五庄的建庄。在溪北萬順寮地區墾務進行的同時，溪南的拓墾活動也已經展開，其過程更為艱辛，當大批安溪移民進入深坑地區時，他們首先到達萬順寮及大坑地區，向秀朗社番業戶繳出一筆費用，以獲得土地開墾權。而整個地區的開墾需要投入大批資金和人力，不是個人所能勝任，於是產生了開墾組織。　　　
確定了深坑地區的墾拓主力，即吳、高、陳、張、潘、黃及番業戶韓敬元。之後阿柔、麻竹寮、烏月、旺耽、楓仔林，甚至溪北的土庫，都是以這七股為主力，從乾隆末年至道光初年，完成了深坑的初墾。深坑鄉以舊之「深坑莊」得名。相傳清高宗廿年（一七五五），閩南大旱，泉州人許宗琴舉族渡海來此地墾拓，初名「簪纓」接著產生「番亂」。獨簪纓以地形易守而倖免，所以改名「深坑」，係本鄉四面環山，形似坑底，故名。日據時期稱「深坑庄」。臺灣光復後改為「深坑鄉」。